Das Museum befindet sich an der Stelle des Geburtshauses von Johann Joachim Winckelmann (1717-1768). Es wurde bereits 1955 eröffnet und ist das einzige, das sich mit dem Leben und Wirken des bedeutendsten europäischen Gelehrten des 18. Jahrhundert befasst. Winckelmann gilt als Begründer der klassischen Archäologie und neueren Kunstwissenschaft. Die ständige Ausstellung lässt Besucher den beeindruckenden Weg des Schuhmachersohns aus der preußischen Provinz nachvollziehen, der über allerlei Umwege 1755 nach Rom gelangte, um die Meisterwerke der Antike zu studieren. 1763 ernannte ihn der Papst – als ersten Ausländer – zum Kommissar aller Altertümer Roms. Ein Jahr später erschien Winckelmanns Hauptwerk, die „Geschichte der Kunst des Alterthums“.
Für Kinder und Jugendliche bietet das Kindermuseum spannende Erlebnisse in der Welt der Antike: Sie können sich als Römer oder Grieche verkleiden, im Theater Spannendes vom Untergang Pompejis erfahren, auf antiken Instrumenten spielen oder einen römischen Hafen mit Marktständen erkunden.
Im Garten eröffnet das größte begehbare Trojanische Pferd der Welt einen herrlichen Blick über die Stadt. In die 15 Meter hohe, 13 Meter lange und fünf Meter breite Stahlkonstruktion, die mit Lärchenholz verkleidet ist, passen bis zu 30 Besucher – wie in der griechischen Sage beschrieben. Im Außengelände gibt es auch ein Hörtheater, die Spielstraße mit Spielen, die Kinder vor 2.500 Jahren begeisterten, ein Labyrinth, das Archäologencamp und den Museumsgarten mit Skulpturen.